合同万分之五的违约金是按照合同金额的按照每日万分之五收取的，即合同金额乘以违约天数乘以万分之五。如果合同中只对违约金做了原则性的规定，没有具体约定违约金的比例或数额，并且有关法律也没有明确规定违约金比例或者金额的，则可按《民法典》中关于承担违约金责任的一般原则执行。
法律依据：《民法典》第五百八十五条 当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。