律师解答：
1、加班工资只算基本工资是不合法，劳动者申请劳动仲裁，可以要求用人单位补足工资差额,并且可以单方解除劳动合同并要求支付经济补偿金。用人单位应当按劳动相关法律要求计算加班工资，否则克扣工资将会面临行政处罚。
2.如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动法》 第四十四条 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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